“O benim en iyi arkadaşım”: Köpeği için yapay zeka ile kanser aşısı geliştirdi

“Bunu öğrenmek yıkıcıydı, O benim en iyi arkadaşım.” diyen Conyngham, köpeğini kaybetmemek için sıra dışı bir yol izlemeye karar verdi.

Rosie için ilk müdahaleler geleneksel tıp yöntemleriyle yapıldı. Önce cerrahi işlemler, ardından kemoterapi ve ilaç tedavileri denendi. Ancak tümörler gerilemek yerine büyümeye devam etti. Rosie’nin bacaklarında açılan lezyonlar kanamaya başlamış, tümörler deri yüzeyini zorlayarak dışarı taşmıştı. Enerjisi tükenmiş, hareket kabiliyeti ciddi şekilde azalmıştı. Umutlar tükenmek üzereydi.

Ancak Conyngham için bu bir son değildi. Elektrik ve bilgisayar mühendisliği geçmişi olan, veri bilimi ve yapay zeka alanında deneyim sahibi bir girişimci olarak farklı bir yol denemeye karar verdi. Tıbbi eğitimi yoktu ama elinde güçlü araçlar vardı: ChatGPT, Gemini, Grok ve AlphaFold.

İlk adımda ChatGPT’ye başvurarak Rosie’nin hastalığını anlamaya çalıştı. Yapay zeka, onu immünoterapi seçeneklerine yönlendirdi ve daha da önemlisi, genetik düzeyde analiz yapılması gerektiğini işaret etti. Bu yönlendirme Conyngham’ı Sidney şehrinde bulunan University of New South Wales bünyesindeki Ramaciotti Genomik Merkezi’ne götürdü.

Burada Martin Smith ile iletişime geçti. Başlangıçta oldukça sıra dışı görünen bu talep, yani bir köpeğin genomunun detaylı şekilde analiz edilmesi, bilim insanları için bile alışılmadık bir durumdu. Ancak Conyngham kararlıydı. Gerekli maliyeti kendisi karşıladı ve Rosie’nin tümöründen alınan örneklerin DNA dizilimi çıkarıldı.

Ortaya çıkan veri seti ise devasaydı ve yaklaşık 150 milyar genetik harften oluşuyordu. Bu, uzmanlar için bile çözülmesi zor bir bulmacaydı. Ancak Conyngham, yapay zeka araçlarını kullanarak bu veriyi anlamlandırmaya başladı. ChatGPT ile tümördeki mutasyonları analiz ederken Google DeepMind tarafından geliştirilen AlphaFold yardımıyla bu mutasyonların ürettiği protein yapılarını tahmin etti. Conyngham, süreçte ChatGPT’nin yanında Gemini ve Grok’u da kullandı. Hatta nihai aşamalarda Grok’un kullanıldığı açıklandı.

Bu analizler sonucunda, bağışıklık sisteminin hedef alabileceği yedi farklı neoantijen tespit edildi. Bu, kanser hücrelerine özgü işaretler anlamına geliyordu. Artık elinde, tamamen kişiselleştirilmiş bir tedavi tasarlamak için gerekli temel vardı.

Conyngham, bu verilerle birlikte Pall Thordarson liderliğindeki UNSW RNA Institute ekibine başvurdu. Thordarson için bu durum benzersizdi. Çünkü karşısında ne bir akademisyen ne de bir doktor vardı. Zira karşısında kendi çabasıyla genetik analiz yapmış ve aşı tasarımı oluşturmuş bir girişimci bulunuyordu.

Bir tavşanı kovalayan umut

Yapılan değerlendirmelerin ardından ekip projeye dahil oldu. Conyngham’ın belirlediği hedefler temel alınarak, DNA şablonundan mRNA üretildi. Bu mRNA molekülleri lipid nanoparçacıklar içine yerleştirilerek vücuda enjekte edilebilir hale getirildi. Tüm süreç, tasarımdan üretime kadar yalnızca iki ay sürdü. Geleneksel ilaç geliştirme süreçlerinin yıllar aldığı düşünüldüğünde bu süre olağanüstüydü.

Ancak bürokrasi süreci de en az bilimsel süreç kadar zorluydu. Etik onayların alınması da oldukça uzun sürdü. Ancak en nihayetinde Rosie’nin tedavisi için gerekli izinler çıktı ve uygulama planı oluşturuldu. Bu sırada Conyngham, tedaviyi güçlendirmek amacıyla bağışıklık sistemini aktive eden bir immün kontrol noktası inhibitörü de temin etti.

Rosie, aşı ve immünoterapi kombinasyonunu içeren tedaviyi aldı. İlk günler zorluydu. Özellikle immünoterapi, köpeğin birkaç gün boyunca halsiz ve yorgun hissetmesine neden oldu. Ancak asıl değişim birkaç hafta sonra başladı.

Önce tümörlerde şişme gözlendi. Bu genellikle kötüye işaret olarak yorumlanırdı ancak bu kez farklıydı. Şişlikler kısa süre sonra inmeye başladı ve tümörler hızla küçüldü. Rosie’nin bacakları yeniden görünür hale geldi. Daha da önemlisi, davranışları değişti. Enerjisi geri gelmişti.

Tedaviden yaklaşık altı hafta sonra, Conyngham köpeğini parka götürdüğünde beklenmedik bir şey yaşandı. Rosie bir tavşan gördü ve hiç tereddüt etmeden çitin üzerinden atlayarak peşinden koştu. Bu, birkaç ay önce neredeyse yürüyemeyen bir köpek için inanılması güç bir dönüşümdü.

Yine de uzmanlar temkinli. Elde edilen sonuçlar çarpıcı olsa da bu bir mucize tedavi değil. Bazı tümörler tedaviye yanıt vermezken hastalık da tamamen ortadan kalkmış değil. Ancak yine de uzmanlar sürecin konseptten gerçek uygulamaya bu kadar hızlı taşınmasını “şaşırtıcı” olarak değerlendiriyor. Yapay zekanın antijen belirleme sürecini hızlandırmasının gelecekte tedavi geliştirme süreçlerini kökten değiştirebileceği belirtiliyor.

Bilim dünyası için ne ifade ediyor?

Ayrıca Bkz.Gökbilimcilerden çığır açan keşif: En ilkel yıldızlardan biri bulundu

Rosie’nin hikayesi ise bu potansiyelin kişiselleştirilmiş tıpta nasıl somut bir gerçekliğe dönüşebileceğini gösteriyor. Üstelik bu süreç, merkezi laboratuvarlara bağımlı kalmadan, daha esnek ve hızlı bir üretim modeliyle gerçekleştirildi.

Bugün Rosie halen kanserle yaşıyor. Veterinerlerin tahminlerine göre önünde sınırlı bir zaman olabilir. Ancak bu süre, çoktan beklenenden daha uzun hale gelmiş durumda. Daha da önemlisi, bu zaman artık daha kaliteli geçiyor. Ekip, tedavi edilemeyen tümörler için yeni bir çözüm üzerinde çalışıyor.